Markerpliiatsite klassifikatsioon põhineb nende pliiatsiotstel. Tavaliselt võib markerpliiatsid jagada peenteks ja laiadeks otsteks.
Peene otsaga markerpliiatsite jooned on suhteliselt kõvad ja teravad, ühtlaste värvidega. Neid kasutatakse peamiselt väikeste detailide, näiteks punkti- ja joonetaoliste alade piiritlemiseks ja joonistamiseks.
Laia otsaga markerpliiatsite ots on tasane ja kandiline, mis on klassikaline markerpliiatsite ots. Löögid on suhteliselt pehmed, värvid rikkalikud ja täidlased ning saab luua teralise koega mustreid. Pliiatsi otsaosa nurga arvukate variatsioonide tõttu on pliiatsiotsa poolt moodustatud tõmbevariatsioonid suhteliselt olulised. Seetõttu kasutatakse neid enamasti värvi täitmiseks ja katmiseks.
